ЦНИИП делит новые территории Москвы на 5 участков в зависимости от перспективности их развития. Первая зона расположена на границе старой и новой Москвы, эта область станет практически рекреационной, поддерживающей экологию старого и нового городов. В следующей за ней второй зоне располагается новый центр агломерации, где будет происходить наибольшая активность. Третья зона представляет собой своеобразные окраины второй — интенсивность застройки плавно снижается. В четвертой зоне застройка будет практически отсутствовать — эти области будут отданы под логистику, а территория пятой зоны и вовсе будет объявлена заповедной.
Транспортная система новой Москвы ориентируется прежде всего на новый Федеральный центр, который располагается в Коммунарке. Скоростные поезда связывают этот центр с аэропортами Внуково и Домодедово в инновационный коридор, вдоль которого идет активное развитие. Городское развитие идет также по линии основных транспортных магистралей апрелевского, троицкого и подольского направлений. В итоге план территориального развития по своей форме напоминает треугольник, и этот «треугольник тяжести» должен, согласно концепции, снять транспортную нагрузку с территорий cтарой Москвы.
В старой Москве планируются стандартные процедуры: множество субцентров на периферии города, увеличение плотности уличной сети, развитие системы природных и озелененных территорий, подключение речного транспорта, максимальное использование берега Москвы-реки и возвращение к жизни территорий бывших промзон.