14 ноября 2012 года новый глава Минобороны Сергей Шойгу распорядился приостановить процедуру ликвидации военных госпиталей, а на 1 декабря запланировал совещание по военной медицине и ее бюджету. Чуть раньше — 13 ноября — стало известно и о том, что перенос Военно-медицинской академии им. С.М.Кирова из центра за пределы Санкт-Петербурга также приостановлен.
С 2008 года в рамках реорганизации системы военной медицины России треть военных медиков была заменена гражданскими специалистами, из-за увольнений их общее число сократилось с 15 000 до 5 800 человек. Большую часть военных госпиталей и поликлиник расформировали — под руководством предыдущего главы ведомства Анатолия Сердюкова был взят курс на «оптимизацию» системы военной медицины. Эта политика включала в себя резкое сокращение количественного состава офицеров-врачей, перевод части специальностей медицинского профиля в чисто гражданские, расформирование большинства военно-медицинских факультетов, ликвидацию большей части военных госпиталей и поликлиник с последующей передачей оставшихся в ведение Минздрава.
Логика этих реформ вызвала недоумение и возмущение военных медиков, их пациентов, общественности и депутатов в регионах. Апеллировали к тому, что система подготовки военврачей сильно отличается от подготовки гражданских, и такая специфика позволяет врачам с наибольшей эффективностью действовать в условиях военных конфликтов, при терактах, в экстренных ситуациях, предполагающих большое количество пострадавших. Кроме того, военные госпитали зачастую оказывались единственными больницами в своем регионе, которые могли предоставить техническую базу для медицинской помощи гражданскому населению. Так, например, обстоит дело с госпиталем Минобороны в Плесецке. Горбольница не имеет хирургического стационара, и военврачи оказывают помощь гражданским жителям, а также сотрудникам всех силовых ведомств.
Такая реорганизация стала потрясением как для самих военных медиков и их пациентов, так и для гражданских больниц и поликлиник, которым предстояло без предварительной подготовки материально-технической базы принимать поток пациентов, ранее обслуживавшихся медиками Минобороны. На данный момент закрыта почти половина военных госпиталей — что станет с остальными, будет известно после совещания по военной медицине 1 декабря.